Mogućnost primjene mikrosatelitnih lokusa kreiranih za kosmopolitske vrste za istraživanje endemskih vrsta s posebnim osvrtom na Silene sendtneri Boiss.

Apstrakt

Silene sendtneri Boiss. (Caryophyllaceae) je dinarska endemska vrsta s bijelim, ukrasnim, mirisnim cvjetovima čiji locus classicus je opisan u Bosni (Šilić, 1990). Prethodne studije zasnivale su se na istraživanju morfološke varijabilnosti i efektima klijanja sjemena nakon tretiranja salicilnom kiselinom (Slavnić, 1969; Kukuljac et al., 2016). Do sada, ova vrsta nije bila istraživana sa molekularnogenetičkog aspekta. Mikrosateliti su vrlo korisan molekularni marker u procjeni genetičkog diverziteta, dva do 20 puta informativniji od SNP-ova (Arthofer i sur., 2018). Prema istraživanju koje su sproveli Godé i sur. (2014), razvijena su 24 mikrosatelitna markera za vrstu Silene nutans koji su testirani u unakrsnoj amplifikaciji kod dodatno osam vrsta. Cilj naše studije bio je procijeniti primjenjivu vrijednost mikrosatelitskih lokusa stvorenih za kosmopolitske vrste na endemskim vrstama kao što je S. sendtneri, za koju prethodno ne postoje molekularni podaci. Biljni materijal je prikupljen na 18 lokaliteta. Iako je najčešći ograničavajući faktor ekstrakcija visokokvalitetne DNK uslijed prisustva brojnih sekundarnih metabolita, izmjena standardnog CTAB protokola dodavanjem vitamina C u pufer za lizu rezultirala je uspješnom ekstrakcijom 100 analiziranih uzoraka. Testirana je amplifikacija pet mikrosatelitnih lokusa, odabranih pod pretpostavkom da će biti amplificirani i polimorfni. Iako je amplifikacija bila uspješna u tri SSR lokusa, za lokus Sil03 otkriveno je 15 alela dok je prema studiji Godé i sur. (2014) prijavljeno četiri. U obje studije, lokus Sil16 je pokazao po 12 alela. Lokus Sil01, u našoj studiji je pokazao monomorfnost, dok je kod vrste S. nutans bio visoko polimorfan (18). Dva testirana lokusa, Sil31 i Sil35, koji se nisu amplificirali, pokazivali su izuzetan polimorfizam kod vrste S. nutans sa 12, odnosno, 18 alela. Stoga, ovaj rad predstavlja preliminarne rezultate upotrebljivosti mikrosatelitskih lokusa stvorenih za kozmopolitske vrste u procjeni genetičke raznolikosti endemskih biljnih vrsta.